Sebagai bentuk perpaduan antara pendidikan akademik perguruan tinggi dan pendidikan pesantren, maka dalam aktifitas belajar mengajar juga mengacu pada dua pendekatan tersebut. Dengan mengacu pada pendidikan di perguruan tinggi, maka di Ma’had Aly menggunakan sistem pembelajaran yang berpusat pada mahasantri (student centered), yakni suatu jenis pendidikan dimana mahasantri diberi wewenang penuh untuk mencari, menemukan, dan mengembangkan informasi atau ilmu yang didapatnya sementara dosen sebagai motivator, fasilitator, dan pengarah dalam aktifitas belajar mengajar. Dalam hal ini, aktifitas belajar mengajar menggunakan tiga model pendekatan.
- Tekstual, yaitu memahami nushūsh secara lughawiyah, harfiyah dan tarkibiyah. Hal ini ditempuh dengan dua cara, yaitu al-tadris (bimbingan seorang dosen) dan musyawarah (diskusi).
- Tekstual-Kontekstual, yakni pembelajaran yang memadukan antara teks dengan konteks. Pembelajaran ini mengarahkan teks untuk dapat menjawab dan menyelesaikan persoalan-persoalan kontekstual